Deși procedura cercetării disciplinare nu este una foarte greoaie, de multe ori în practică, cei ce realizează cercetarea disciplinară întâmpină tot felul de dificultăți în realizarea acesteia, dificultăți ce au drept cauză fie lipsa de experiență a membrilor comisiei de cercetare disciplinară fie chiar conduita, strategia de a se apăra a salariatului cercetat.